Nel 1950 durante alcuni lavori per la riparazione della Cappella di S. Restituta vennero rinvenute diverse tombe paleocristiane. Nel proseguire gli scavi si capì che era stato rinveuto un cimitero cristiano. Gli scavi continuarono portando alla luce una serie di sepolcri. Oggi Questo museo ospita diversi reperti archeologici riportati alla luce non solo nel comune di Lacco Ameno, ma su tutta l'isola d'Ischia.
Attraverso questi reperti è possibile capire la storia e le usanze di Pithecusae.
Sono stati ricostruiti gli ambienti di una casa pitecusana, sono stati ritrovati i giocattoli di argilla dei bambini, divinità raffigurate su vasi etc.
Inoltre, bisogna ammirare L'Anfora per il vino, su cui è rappresentata la scena del nubifragio di una nave, alcuni marinai tentano di sfuggire alla crudeltà dei mostri marini mentre altri sono quasi per essere inghiottiti.
Tra i cippi romani spicca quello in onore di una giovinetta, Seia Spes, che nel 154 d.C. fu la vincitrice della gara podistica nella trentanovesima Italide, tenutasi a Napoli.